繼電保護裝置的工作環境惡劣，電磁干擾嚴重。國內外對靜態精電氣的干擾來源己所作的大量研究表明，模擬量輸入回路串入的共摸信號；開關量輸入輸出回路與外界相連而涌入的浪涌；裝置的電源線也會攜帶干擾信號等。微機保護中干擾也來自這幾個方面，也是被干擾的后果卻有所不同。靜態保護裝置也在干擾的作用下往往是使開關電路誤觸發翻轉，若沒有完善的閉鎖措施就會導致保護誤動。而對微機保護來說后果往往表現為由于數據或地址的傳送出錯而導致計算出錯或程序出格。
 
例如，當CPU正確通過地址總線送出一個地址從EPROM提取指令操作碼，如果這個誤碼是一條轉移指令，或者其指令長度不同于原指令，則CPu的行為將*背離原程序的軌道，這種現象叫程序出格。出格后CPU可能執行一系列非預期的指令，其zui終結果往往是碰到一條不認識的指令而停止工作。由此可見，程序出格后引起誤動作的概率是很小的，但此時CPU將停止執行保護的任務，如不能及時發現和自動糾正，則發生故障時保護就會拒動。干擾的另一種可能的后果是導致保護誤動，例如，從電流互感器或電壓互感器二次引入的浪涌造成錯誤的數據而使保護誤動，嚴重的干擾還可能造成元件損壞。
 
一般干擾信號的頻率高，幅度大，前沿徒，因而可以順利通過各種分布電容的耦合。但這些干擾的持續時間端，所以模擬保護可以再電路上略加延時以躲過干擾，而不能簡單的設置延時電路，但它可以采取一些常規保護所無法實現的抗干擾措施。因此微機保護在抗干擾方面有其獨到之處。實踐證明微機保護是高度可靠的。
 
為了防止由于干擾使保護的可靠性下降，微機保護通常在硬件及軟件方面采取了如下防范措施。